يستهدف المعهد ببرامجه الأكاديمية والتدريبية - في المقام الأول - المعينين على رأس عملهم في المراكز والحلقات القرآنية، والبالغ عددهم أكثر من  4000 شخص، موزعين على 345 مركزاً منتشرةً في مختلف مناطق مملكة البحرين؛ بحيث يستطيع خريج المعهد العودة لعمله في هذه المراكز والحلقات، والقيام بمهماته ومسؤولياته التعليمية والتربوية والإدارية بكفاءة واقتدار.

وعلاوةً على ذلك، يؤهل المعهد خريجيه للعمل في الوظائف والمجالات الآتية:

(1) الوظائف التعليمية (معلم، معلم أول، مشرف برنامج، موجه، معد مسابقات، مجيز) في المراكز والحلقات القرآنية الجديدة، أو في المراكز التي تحتاج للتوسع بفتح فصول دراسية جديدة، وتعيين معلمين فيها. ويتم سنوياً افتتاح خمسة مراكز جديدة في المتوسط؛ استجابةً للزيادة السكانية والتوسع العمراني الذي تشهده المملكة.

(2) الوظائف الدينية في الجوامع والمساجد التابعة لإدارة الأوقاف كالإمامة والأذان والخطابة والوعظ.

(3) تدريس مواد التلاوة والقراءات وعلوم القرآن في المؤسسات التعليمية والتدريبية.

(4) العمل في مراجعة وتدقيق المصاحف  المطبوعة والتسجيلات الصوتية والمرئية للتلاوات القرآنية.